Der Soul Translator ist eine Schnittstelle, die mit dem Fluctlight des Benutzers – dem technologischen Äquivalent einer menschlichen Seele – interagiert und sich grundlegend von der orthodoxen Methode zum Senden von Signalen an das Gehirn unterscheidet. Das private Institut Rath möchte ihre Schöpfung perfektionieren, indem es die Hilfe von Kazuto Kirigaya in Anspruch nimmt. Dort arbeitet er als Teilzeitbeschäftigter, um die vom Soul Translator generierten Systemfähigkeiten im Bereich zu testen. Gemäß dem Vertraulichkeitsvertrag werden alle von der Maschine in der virtuellen Welt erstellten Erinnerungen bei der Rückkehr in die reale Welt gelöscht. Kazuto kann sich nur vage an einen einzigen Namen erinnern, Alice, der ein Gefühl des Unbehagens hervorruft.

Als Kazuto eines Abends Asuna nach Hause begleitet, treffen sie auf einen vertrauten Feind. Kazuto wird im folgenden Kampf verwundet und verliert das Bewusstsein. Als er zu sich kommt, entdeckt er, dass er einen vollständigen Sprung in die Unterwelt gemacht hat, ohne dass er entkommen kann. Er macht sich auf die Suche und sucht wieder einen Weg zurück in die physische Welt.